Laureato in Lettere con indirizzo in Comunicazioni Sociali presso l'Università Cattolica di Milano, Marco Pozzi dal 1991 al 1993 ha svolto in ambito accademico attività di ricerca sul "Nuovo Cinema Italiano".

Nel 1992 ha fatto parte del gruppo "Ipotesi Cinema" coordinato e diretto da Ermanno Olmi.

Dall'inizio del 1996 lavora come regista di spot pubblicitari e documentari industriali.

Come regista ha realizzato:
il documentario Motus- perpetuus Umberto Mastroianni (1994),
i cortometraggi di fiction Cuore di mamma (1993), Calze nere (1995), Assolo (1995), Doom (1996) e Cra-cra (1997). Gli ultimi tre hanno ottenuto importanti premi e riconoscimenti ai principali festival internazionali (tra gli altri la Mostra Internazionale d'Arte Cinematografica di Venezia nel 1995 e nel 1996, Clermond Ferrand, Theran, Valencia, Montreal) e sono stati acquistati dai maggiori distributori cinematografici e televisivi a livello internazionale.

Nel 1999 ha diretto il suo primo lungometrggio di fiction intitolato 20-Venti presentato in anteprima al Festival Internazionale di Berlino nella sezione Forum (febbraio 2000).
Il film è stato poi invitato in vari festival e rassegne tra cui:
Williamsburg Film Festival di New York, ottenendo i riconoscimenti come Best cinematography e Best soundtrack (maggio 2000).
Festival di Annecy, ottenendo il premio CICAE della giuria dei critici internazionali (ottobre 2000).
Nel mese di dicembre 2000 il mensile di critica cinematografica Duel ha assegnato a 20-Venti l'annuale premio come miglior film italiano del 2000.
Festival del Cinema Europeo di Lecce, ottenendo il premio speciale della giuria (giugno 2001).

Dall'inizio di novembre del 2000 alla fine di aprile 2001 ha diretto Bradipo, una sit-com metalinguistica in dodici puntate di 30'prodotta da MTV.

Nell'ottobre del 2002 ha curato la realizzazione di Zobeide. Libero adattamento cinematografico di una delle città invisibili descritte nell'omonimo romanzo di Italo Calvino. Il film e la relativa installazione hanno fatto parte della mostra collettiva Città In/visibili allestita presso la Triennale di Milano (4 novembre 2002 - 9 marzo 2003).

Nel 2003 ha realizzato il documentario Senza tregua presentato alla 60 Mostra Internazionale d'Arte Cinematografica di Venezia nella sezione Nuovi Territori.

Nel primo semestre del 2005 ha diretto il film documentario "Il primo giorno", realizzato con il contributo della Presidenza e dell'Assessorato alla Cultura della Provincia di Milano in occasione del 60 anniversario della Liberazione.

Nel 2007 ha realizzato il documentario Dimmi qual è il colore del cielo. Un piccolo comizio d'amore sull'adolescenza in cui quattro ragazze di sedici anni si raccontano e svelano il loro rapporto con il mondo.